Потому что разработчики софта поддерживают его запуск только под systemd и для того, чтобы поддерживать другую систему инициализации, мейнтейнерам дистрибутива придётся где-то искать и часто писать самим всё недостающее. Ты всегда можешь сменить инит, но, будь готов, что этим мейнтейнером придётся быть тебе, а дистрибутив будет постоянно гадить в тапки и твой инит это только твоя забота.

Ну и, отвечая на твой вопрос, ядро это не "системный софт", оно живёт отдельно и просто предоставляет интерфейсы, а DE это пользовательский софт и не система (хотя из-за вяленого часть системных функций перешла на оконный менеджер). Да и в целом, "системный софт" -- это в основном инит и есть. Ну ещё компоненты поднимающие сеть, настраивающие логи, часы, крон и так далее. Именно эти части и делают дистрибутив.