Да, есть такая проблема. И это проблема в том числе самого SQLite. Слишком многое там конфигурируется во время компиляции флагами компиляции. Потому что нефиг на Си писать. Писать надо было на плюсах и юзать шаблоны, создавая где очень критично к производительности 2 версии кода, и не через макросы, а через ifы/switchи, где в каждом варианте все ветви кроме гдной будут выоптимизированы компилятором. Ещё проблем добавляет модель разработки SQLite - "мы не будем брать ваши патчи, мы возьмём только заказ на работу и гонорар за его исполнение". Костыльный вариант решения я вижу таким — запакетировать несколько бинарных вариантов либы под распространённые use case и линковать приложения к нужному варианту.

>Но всё равно нельзя взять и подсунуть произвольную версию и только разрабы знают какая подходит

Поэтому в программы и либы приходится пихать рантайм-диагностику, анализирующую флаги сборки и фичи, где целесообразно - включающую fallbackи и генерирующую рекомендации о том, какие флаги нужны.