Вообще сегодня оно не кажется сломанным, как написано в багтеркере. ffmpeg+libxvid имеет право на жизнь:
- лог дублируется (ffmpeg2pass-0.log + xvidff.XXXXXX)
- но он учитывается, двухпроходное кодирование работает*, качество лучше
- битрейт сильно отклоняется только при упоре в ограничения квантизатора, это видно в выводе ffmpeg (frame=XXX fps=YYY q=*может упереться qmin/qmax*) и в этом не виноват конкретно ffmpeg+libxvid

В принципе на каком-то исходнике Xvid (с любыми интерфейсами) может упереться в qmax (максимальной возможный равен 31) и молча вылезти за любые ограничения по битрейту (жёсткие ограничения не выставить). Если параноить как я, то можно следить за этим вручную. Похоже, тут[1] именно на это жалуются в 2004.

У меня -bufsize не влияет на результат (файлы идентичные - хэш от них совпадает).
-vf scale может гарантировать нужную кратность разрешения (надо иметь mod16 или, может, менее строгий mod4): -vf scale=-16:360. С -1 иногда может не повезти.

xvid_encraw изначально[2] официальная, про нейросетки другой анон написал, про DivX for Linux не знаю, об аппаратном ускорении DivX на ПК странно заботиться, но если всё же... то надпись про поддержку DivX 4/5 выглядит бредово. Возможно, в DivX 4 не было B-кадров[3]. Стандарт один - MPEG4 Visual. Профили DivX Certified с момента появления вряд ли менялись, я даже вчера видел где-то жалобу, что "могли бы Home Theater чуть расширить и добавить поддержку 3 point GMC и Qpel" и очевидный ответ про обратную совместимость, с libxvid аналогично - в кодеках не ломают так совместимость.

---

Компромиссность всех вариантов раздражает, глубже вникать в кодирование avi-шек не хочется. Наверное, где-то на форуме (опять рутрекер?) должен найтись урок от тех, кто много кодировал. Там приходилось думать и о совместимости с железными плеерами (единственное, для чего ещё нужен MPEG4 Visual?), и об эффективности - лучше некуда.

Наверное, там предложат взять VfW-энкодер и кодировать в 2 прохода с %professional_settings_list%, запуская его через %program_name% вроде VirtualDub2** или AvsPmod*** (но тогда нужен и Avisynth+, и плагины к нему - без ffms2 современные файлы не открыть). Точнее, там предложат что-то постарее, а эти программы ещё поддерживаются.

---

Хм, почему Xvid сейчас торгует "AutoGraph. A DRM that is no DRM. Video watermarking to stop piracy the smart way"[4]?

* с -qscale:v (фиксированный квантизатор) вместо -b:v (average bitrate, ABR) двухпроходное кодирование точно бесполезно, если вдруг ещё попадутся такие советы. 1 или 2 прохода - файлы идентичные.
** File -> Save video... -> VfW кодеки в левом нижнем углу -> ... -> повторить для второго прохода
*** Tools -> Script Encoder (VFW) -> Run -> Xvid MPEG-4 Codec -> ... -> повторить для второго прохода

[1] http://forum.doom9.org/showthread.php?t=74251
[2] http://websvn.xvid.org/cvs/viewvc.cgi/trunk/xvidcore/example...
[3] http://forum.doom9.net/showthread.php?p=845931#post845931
[4] https://autograph.xvid.com/